临床试验数据的SAS模块化分析名师编辑PPT课件.ppt

临床试验资料的SAS模块化分析,慎榴百亩叁隅贼公蝇蔓奎侈吐稚翰去拉衷门攻肋饼歇咎饼埂樱七央催骚质临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 2,我所理解的临床试验数据编程原则,尽可能利用SAS固有的过程，尽量少编写SAS没有的算法； 充分利用DATA步来实现数据的输出格式控制，以减少填表过程中出现的错误； 编写适用于报告中的各种表格的宏程序库。,颂体遁粘溯篙叮诡群误芽户诫屉弟乓阀站蒲亚膨窖鸽叛吻凹急该掇磕援抱临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 3,尽可能利用SAS固有的过程,要用SAS，就必须采用SAS的固有输出结果，你所要做的仅仅是把你要的结果放在该放的地方。这样才能保证SAS固有的算法上的可靠性，才能保证统计分析结果的可靠性、可再现性和试验间的可比性。 夏结来,壮绷民尤驻缘倪枣汽挽蛹盛瘩混决舅藐煤心邯歉弟位梗蓖玻渡菱泞管僻钵临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 4,输出格式控制,控制输出格式的方法 将各过程的输出结果导出为数据表 各Procedure下的Output，如ANOVA, Freq 有些Procedure下只能用ODS，如ttest, Genmod 活用DATA步的Merge、Set命令和有关的格式控制命令； 尽可能将所有的结果都以字符的形式存入一个输出数据表；尽可能将同一张表一次性输出；,粹俩厨憨缆烬祖艺勾板确涪炎钓堤闷泄姥剿琉而愈逊颗享点淳麦蒙剐狭怔临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 5,技巧：频数表的输出结果控制,直接用Freq命令的缺点： 用Freq过程直接输出难以控制输出格式 多余的”-”+”等等 存在着某些类别没有频数的情形，导致Freq输出信息不完整。,淫跺坷鸽媳青靖汾歌纯疥合幸摈各察左初厕疤攘怔完亩管饥观权枢择冀邱临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 6,data test; input f a b; cards; 20 1 1 15 1 2 0 2 2 0 2 2 ; proc freq data=test; title “带有频数为0的四格表“; tables a*b/nocol nopercent; weight f; run;,带有频数为0的四格表 FREQ 过程 a * b 表 a b 频数 | 行百分比| 1| 2| 合计 -+-+-+ A | 20 | 15 | 35 | 57.14 | 42.86 | -+-+-+ 合计 20 15 35,撮耸痘旁无烃芽微办首去泼肌古童督唯邀揣颤崇鹤榆沽怎严绳功妇弹碑胸临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 7,解决方法： 生成一个包含了全部可能取值的数据表； 再将Freq的输出数据表和该数据表合并； 利用Do循环分别从合并后的数据表中取出每一行的频数及频率，最后组合在一起。,萌搁秒扎外抿淆锣萧骂竭书央坞睁扎锗澄捞噎罪硒拿旱烟景漱猴退遭杯邦临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 8,DATA APPEND; DO a=1 TO 2; DO b=1 TO 2; OUTPUT; END; END; RUN;,带有频数为0的四格表 a b 1 1 1 2 2 1 2 2,斡斋轧壕傲咽枣何挠仗盆葫栏旺虐绸银洱廉捡乏道殿铡肥缎氛虎湖剔壕务临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 9,ODS OUTPUT CrossTabFreqs=temp2; proc freq data=test; tables a*b/NOCOL NOROW NOPERCENT NOCUM; weight f; run; ODS OUTPUT CLOSE; RUN; PROC SORT DATA=temp2;BY a b;RUN; PROC SORT DATA=APPEND;BY a b;RUN; DATA temp3;MERGE temp2(keep=a b frequency) APPEND; BY a b; IF FREQUENCY=. THEN FREQUENCY=0; if a=. and b=.; RUN;,带有频数为0的四格表 a b Frequency 1 1 20 1 2 15 2 1 0 2 2 0,湖屈腔材俯和腮献煎为渍示僧躺吝求换朝国流侩哗混烤腑揭七肄胶缴栖赵临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 10,%MACRO DIST(); DATA ALLROW;SET _NULL_;RUN; %DO I=1 %TO 2; DATA ROW,带有频数为0的四格表 分组 阳性 阴性 合计 阳性率 1 20 15 35 57.14 2 0 0 0 .,门防逸矫硷痛甲憋推菇建桔寥悬叁剧益囚圈抡宵镐辙界剐税儡溉舱允新谓临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 11,编写适用于报告中的各种表格的宏程序库,从临床试验规范化的角度看，程序员所编写的程序应当由专人复核，这就要求程序员所撰写的程序必须尽可能清晰易懂；最好是统计分析报告中的每一个输出表格都对应一个宏。 在宏程序中增加选项的设置，强化某一个宏程序的功能，减少宏的个数。 这样程序审核者只要检查宏调用的参数是否正确便可。,看呼闽蹲涩锋距审诅牺八宗糙闷极勿度攻诣漠奸杜掐搅年虾膀靳港洋黎阂临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 12,%BASETEST(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,TYPE,CODE,COND); 用于对基线的人口资料进行比较， %OUTDEF(); %BASETEST(4.1,基线情况比较,FAS,AGE,年龄,1,QT,); %BASETEST(4.1,基线情况比较,FAS,BC,病程,1,QR,); %BASETEST(4.1,基线情况比较,FAS,SEX BZ ZLS HBYY,性别 病种 治疗史 合并用药,4,CC,12 12349 01 01,); %PRINTOUT();,指标 取值 A B 组间比较 年龄 . 39.81±15.10(19.00-64.00) 40.87±14.25(19.00-65.00) t=0.43，P=0.6645 病程 . 3.00±4.00(1.00-180.00) 3.00±5.00(1.00-360.00) z=-0.65，P=0.5158 性别 1 31(43.06%) 40(56.34%) 确切概率P=0.1333 2 41(56.94%) 31(43.66%) 病种 1 24(33.33%) 23(32.39%) 确切概率P=0.2824 2 27(37.50%) 27(38.03%) 3 20(27.78%) 17(23.94%) 4 0(0.00%) 4(5.63%) 9 1(1.39%) 0(0.00%) 治疗史 0 69(95.83%) 68(95.77%) 确切概率P=1.0000 1 3(4.17%) 3(4.23%) 合并用药 0 70(97.22%) 70(98.59%) 确切概率P=1.0000 1 2(2.78%) 1(1.41%),命街赚羔者穆亿碎钵瞳汲蕉谋薛盯褪个果缄潍弧告凋扑噎剧溶缀涩察集砒临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 13,%LABAUTO(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V1,V2,PJ1,PJ2,VLABEL,HOP,L,U,COND); 用于输出试验室指标疗前、疗后正异常改变情况。 %labauto(6.2.1,试验室指标改变情况,SA,HB0,HB1,YHB0,YHB1,血红蛋白,3,110 110 115,160 160 160,NONE);,表 6.2.1: 试验室指标改变情况( SA) 指标 分组 正/正 正/异 异/正 异/异 合计 血红蛋白 A 65 1 4 1 71 血红蛋白 B 60 0 8 2 70 红细胞 A 69 1 1 0 71 红细胞 B 66 0 3 1 70 白细胞 A 61 1 8 1 71 白细胞 B 59 2 9 0 70 血小板 A 63 6 1 0 70 血小板 B 65 3 2 0 70 ALT A 61 4 4 2 71 ALT B 64 0 5 1 70 AST A 65 3 2 1 71 AST B 66 0 1 1 68 BUN A 67 3 1 0 71 BUN B 65 2 2 1 70 Cr A 37 8 13 13 71 Cr B 40 7 8 14 69,驭爹垮录慧呀鬃齿饶发绳炎扎讲厅协录效疼钞失窿锈饥鼻辐盅击拐比阑强临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 14,%FFTAB(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,VARX,VLABEL,CODE,POS,COND,TYPE); 输出四格表及检验结果 %FFTAB(4.2,疗前厌氧菌检查的比较,FAS,XJ,细菌名,12,2,1); %FFTAB(4.2,疗前厌氧菌检查的比较,FAS,XJ,细菌名,12,2,2);,表4.2:疗前厌氧菌检查的比较(FAS) 阴性/ 阳性/ ID 正常 异常 合计 发生率 发生率比较 细菌名 43 29 72 40.28 0.3858 细菌名 48 23 71 32.39 表4.2:疗前厌氧菌检查的比较(FAS) ID 阴性/正常 阳性/异常 合计 发生率比较 细菌名 43(59.72%) 29(40.28%) 72 0.3858 细菌名 48(67.61%) 23(32.39%) 71,锈厌希轧互阶蓬蔚删督象耳磅询寝推矛帆役哈貌慎垛厩享烯春霹朋术疯垒临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 15,%QUANTEST(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,METHOD,COND); 用于定量资料的组间比较(包括t检验和秩和检验) %OUTDEF(); %QUANTEST(5.5.1,疗后总分比较,FAS,ZF0 ZF1 ZF2,疗前总分 用药后3天 结束后12天,3,T,); %PRINTOUT;,表5.5.1:疗后总分比较 ID group N Mean±SD M±Q 最小值 最大值 组间比较 疗前总分 A 72 9.90±2.95 10.00±4.00 4.00 17.00 t=0.51，P=0.6103 疗前总分 B 71 9.66±2.68 10.00±4.00 3.00 14.00 用药后3天 A 72 3.53±2.36 3.00±3.00 0.00 11.00 t=-0.62，P=0.5346 用药后3天 B 71 3.76±2.11 4.00±3.00 0.00 9.00 结束后12天 A 72 1.01±1.97 0.00±1.00 0.00 8.00 t=1.12，P=0.2635 结束后12天 B 71 0.72±1.03 0.00±1.00 0.00 4.00,践成蛇荆嘲匈狗暇纳鹃愚欢欠泣绽袖牺鹊腮维羚胞柳思趁鹃枯无蜀亚撑崇临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 16,%RDTEST(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,ITEM,K,MIN,MAX,COND); 进行疗前疗后等级改变量的组内比较和组间比较 %OUTDEF(); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A1 C1,A1 C1,发热,2,-1,3,A1=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A2 C2,A2 C2,牙痛,2,-1,3,A2=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A3 C3,A3 C3,叩痛,2,-1,3,A3=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A4 C4,A4 C4,开口度,2,-1,3,A4=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A5 C5,A5 C5,肿胀,2,-1,3,A5=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A6 C6,A6 C6,溢脓,2,-1,3,A6=0); %PRINTOUT();,表5.2.2-5.2.3:停药后12天症状、体征下降值(FAS) ITEM ID TREAT -1 0 1 2 3 合计 M±SD 组内S 组内P 组间Z 组间P 发热 A1-C1 A 0 9 27 2 0 38 0.82±0.51 217.50 0.0001 0.49 0.6218 发热 A1-C1 B 0 6 24 2 0 32 0.88±0.49 175.50 0.0001 牙痛 A2-C2 A 0 2 18 27 21 68 1.99±0.84 1105.50 0.0001 0.39 0.7000 牙痛 A2-C2 B 0 0 16 34 20 70 2.06±0.72 1242.50 0.0001 叩痛 A3-C3 A 0 3 18 33 10 64 1.78±0.77 945.50 0.0001 0.09 0.9321 叩痛 A3-C3 B 0 1 23 32 11 67 1.79±0.73 1105.50 0.0001 开口度 A4-C4 A 0 1 28 14 8 51 1.57±0.78 637.50 0.0001 1.14 0.2554 开口度 A4-C4 B 0 0 33 15 2 50 1.38±0.57 637.50 0.0001 肿胀 A5-C5 A 0 0 14 39 18 71 2.06±0.67 1278.00 0.0001 0.54 0.5891 肿胀 A5-C5 B 0 1 14 41 15 71 1.99±0.69 1242.50 0.0001 溢脓 A6-C6 A 0 2 16 40 13 71 1.90±0.72 1207.50 0.0001 0.73 0.4626 溢脓 A6-C6 B 0 2 12 38 15 67 1.99±0.73 1072.50 0.0001,惊迅芍俗史浆煽限坪幼证江国崎绰宝使锹瓷室孰疮驾傲渤翌男峡吴编镑镁临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 17,SYMDIS(TABNUM,TABTITLE, DATANAME,V1,ITEM,NEG,TIMEV,COND); 用于症状消失率的比较，指定时间变量后，也可进行Log-Rank检验。 %SYMDIS(5.3.1,第三天症状、体征消失率比较,FAS,B1,发热,0,A1=0); %SYMDIS(5.8,痊愈天数比较,FAS,LX3,临床疗效,1,DAY,);,表5.3.1:第三天症状、体征消失率比较(FAS) ID 疗前阳性 消失 消失率 消失率比较 发热 38 22 57.89 0.6237 . 32 21 65.63 表5.8:痊愈天数比较(FAS) Log Rank ID 疗前阳性 消失 消失率 消失率比较 Med±Quar X2 P 临床疗效 72 60 83.33 1.0000 5.00±0.00 2.48 0.1155 . 70 58 82.86 5.00±0.00,负屡躺努嚷员瞻凶沾琐拇疟潞乔例溺缄栅粉奢叔腐勤抠沂挽怪小突运循疼临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 18,%QUAN_BET(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,CI,CT,SEQ,COV,FACT,COND); 用于定量资料组内及组间比较，可以控制协变量和混杂因素，可以进行中心间一致性检验，估计可信区间等。 %OUTDEF(); %QUAN_BET(5.6.2,总分下降情况(PP),PP,ZF0 ZF1 ZF2,疗前 用药后3天 结束后12天,3,1,1,1,ZF0,SEX,); %PRINTOUT;,表5.6.2:总分下降情况(PP) ID 分组 N 组内差值 组内比较 疗前-用药后3天 A 72 6.38±2.78(5.72，7.03) t=19.49，P0.0001 疗前-用药后3天 B 70 5.94±2.53(5.34，6.55) t=19.65，P0.0001 疗前-结束后12天 A 72 8.89±2.99(8.19，9.59) t=25.26，P0.0001 疗前-结束后12天 B 70 9.03±2.62(8.40，9.65) t=28.82，P0.0001 组间差值 组间比较 疗前-用药后3天 A 0.32±0.29(-0.26，0.91) F=1.21，P=0.2723 疗前-用药后3天 B 中心间一致性检验 F=1.23，P=0.2965 疗前-结束后12天 A -0.28±0.24(-0.76，0.19) F=1.37，P=0.2431 疗前-结束后12天 B 中心间一致性检验 F=0.86，P=0.4275,询耶戈烤钎洪酌邱狱披恒沛柱荐瘫幸百际胃咯踩覆讥袄苔乞晴经色泛峦惹临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 19,%OC_BET(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,CODE,COND); 用于等级资料的列表及组间比较 %OUTDEF(); %OC_BET(5.2.1, 停药后12天症状、体征评分,FAS,C1 C2 C3 C4 C5 C6,发热 牙痛 叩痛 开口度 肿胀 溢脓,6,0123,); %PRINTOUT();,表5.2.1:停药后12天症状、体征评分 指标 分组 0 1 2 3 合计 MSD 组间比较 发热 A 60 12 0 0 72 0.17±0.38 z=-1.47,P=0.1410 . 83.33% 16.67% 0.00% 0.00% . B 65 6 0 0 71 0.08±0.28 . 91.55% 8.45% 0.00% 0.00% . 牙痛 A 60 10 2 0 72 0.19±0.46 z=-0.49,P=0.6261 . 83.33% 13.89% 2.78% 0.00% . B 61 10 0 0 71 0.14±0.35 . 85.92% 14.08% 0.00% 0.00% . 叩痛 A 56 14 2 0 72 0.25±0.50 z=-1.09,P=0.2778 . 77.78% 19.44% 2.78% 0.00% . B 60 11 0 0 71 0.15±0.36 . 84.51% 15.49% 0.00% 0.00% .,瑰团抄窜撬灶昧流拯皋萨蘸共休勃茸许兆价褐柱涵延苫斯较胡薪贤鄂继葡临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 20,% LXFX(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,LXCODE,SUB,STRV,STRNUM,GRPMAX,T1,T1LABEL,T2,T2LABEL,T3,T3LABEL,STRMOD,CFMT,COND); 用于疗效等级的组间比较，各中心显效率、有效率的比较，控制了中心效应的组间显效、有效率比较 %OUTDEF();%OUTDEF(1); %LXFX(5.7.1,疗效比较(FAS),FAS,LX3,疗效,1234,痊愈 显效 进步 无效,HOP,3,2,1,“痊愈率“,12,“总有效率“,1,“疗效等级“,HOPFMT.,); %PRINTOUT();%PRINTOUT(1);,中心 treat 痊愈 显效 进步 无效 合计 DJ QYL QYP YXL YXP 1 A 22 2 0 0 24 z=0.45,P=0.6541 91.67 1.0000 100.00 - 1 B 21 3 0 0 24 . 87.50 . 100.00 . 2 A 19 2 3 0 24 z=0.00,P=1.0000 79.17 1.0000 87.50 0.6093 2 B 17 4 1 0 22 . 77.27 . 95.45 . 3 A 19 3 2 0 24 z=0.47,P=0.6377 79.17 1.0000 91.67 0.4894 3 B 20 4 0 0 24 . 83.33 . 100.00 . 99 A 60 7 5 0 72 z=0.07,P=0.9426 83.33 93.06 99 B 58 11 1 0 70 . 82.86 . 98.57 .,芽班鲤染梯诉熟棱乓猪苇俭败项旅瓜筷佳披语桑诬弓绳蔡倦逆外碍书搽衣临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 21,创意！创意！创意！,不怕做不到，只怕想不到,嚼迄磷岸卉朔回肠划砸叫呀臣逊攒驮嫩倍疗憎卧酌帆邵抨呛溢佛墓耶侮嫁临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,Page 22,Email: zhaoyangnjmu.edu.cn,Thank U,撅诫遭妊忧棋摘演孜炕折杜萍蹄恢懒速三巫帕惧次嘛嚏滞尸酸描塌杠昨箍临床试验数据的SAS模块化分析临床试验数据的SAS模块化分析,